以anatase为例介绍MS Castep在linux下提交任务的方式。一般来说,任务正常运行需要4个文件:
.param
: 包含计算参数信息.cell
: 包含晶胞、原子坐标、对称性、K点、赝势等信息.usp
: 如果使用了Ultrasoft赝势,则每个元素的usp文件都需要复制到计算目录下.sh
: 提交任务的脚本,根据不同的任务调度系统而定
.param
和.cell
文件可以在Windows的界面里通过Modules -> CASTEP -> Calculation -> Files -> Save Files 产生
.usp
在/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/share/Resources/Quantum/Castep/Potentials
目录可以找到更高级的一些计算可能需要其他的文件
#!/bin/sh -f #PBS -N anatase #PBS -l nodes=1:ppn=12 #PBS -l walltime=9999:00:00 #PBS -q batch #PBS -j oe #PBS -V cd $PBS_O_WORKDIR seedname="TiO2_anatase" #cat $PBS_NODEFILE > machines.LINUX #export DSD_MachineList=$PBS_O_WORKDIR/machines.LINUX export DSD_NumProc=12 /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np $DSD_NumProc $seedname
seedname
和.param
,.cell
的文件名必须保持一致,高亮的两行注释掉之后似乎对计算没有太大影响。